CMD
A diferença está na área de atuação de cada um:
CHKDSK - verifica e corrige arquivos, dados e defeitos físicos no HD.
Verifica um disco e exibe um relatório de status.
chkdsk /r -> Localiza setores defeituosos no disco rígido e tenta repará-los.\
chkdsk /f -> Corrige os erros do disco.
SFC /SCANONN - verifica e repara a integridade de todo o sistema (SO).
Verifica a integridade de todos os arquivos do sistema protegidos e substitui as versões incorretas pelas versões corretas da Microsoft.
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